高分辨率光学基因组图谱在检测疑难罕见遗传性肝病中的临床应用

发布日期：2023-07-27

_NEWS_

高分辨率光学基因组图谱在检测疑难罕见遗传性肝病中的临床应用

Human mutation

2023年6月8日，遗传学经典期刊Human mutation （Q2区，IF=4.7, Web of Science 收录）在线刊发了复旦大学附属儿科医院肝病科王建设教授团队一项研究成果。本研究对一例临床确诊阿拉杰里综合症，多重连接探针扩增技术（multiplex ligation-dependent probe amplification, MLPA）、基因Panel和全基因组测序(whole genome sequencing,WGS) 结果均为阴性的先证者进行光学基因组图谱（optical genome mapping, OGM）检测，发现4号和20号染色体上一个平衡易位变异，经Long-range PCR、靶向二代测序和Sanger测序，确定了4号和20号染色体断裂位点。该变异破坏了JAG1基因结构，使其无法表达出有正常功能的JAG1蛋白。

本研究结果证明了OGM对染色体相互易位变异的高分辨率检测能力，推荐作为疑难遗传性肝病检测的一线检测手段。”上海韦翰斯生物医药科技有限公司提供OGM检测和断点验证服务。韦翰斯生物高鹏飞先生作为共同第一作者。

一、研究背景

阿拉杰里综合症（Alagille Syndrome, ALGS）, 又称Alagille-Watson 综合症或肝动脉发育异常，是由JAG1或NOTCH2基因突变引发的一种累积多系统的常染色体显性遗传病。患者肝脏症状有剧烈瘙痒，黄疸，皮肤黄瘤，尿液颜色加深，白陶土样大便等；心脏症状有长时间活动容易疲乏、呼吸急促、甚至昏厥等；面部特征有前额宽阔、眼窝深陷、尖下巴等；眼睛特征有角膜后胚胎环；身材矮小等。据统计，仅有~ 40%的患者是从父母那里遗传得到突变基因而患病；~ 60%患者是新发突变致病。已知拷贝数变异（copy number variants, CNVs）和结构变异（structural variants, SVs）也是ALGS常见致病原因。本研究借助OGM技术，明确了一例ALGS患者的分子诊断。

二、实验方法

1光学基因组图谱（optical genome mapping, OGM）：从先证者外周血中抽提 >150 kb长度的基因组DNA, 经特殊位点荧光标记-单分子电泳-成像-信息转换（图像到分子）-基因组从头组装-SV calling流程获得结构变异数据。

2 结构变异分析解读：根据变异置信度、变异的人群频率、与表型的相关性等找到致病变异。

3 Long-range PCR和二代测序, 用以明确变异断点在染色体上的位置。

4 Sanger测序，进一步确认断点和变异来源。

5 WGS数据重分析。

6 核型分析再验证。

三、实验结果

OGM在一例ALGS患者基因组中发现4号和20号染色体上存在一个平衡易位。该易位经WGS原始数据重分析和核型分析均得到证实。易位在20号染色体上的断点位置为chr20:10,671,496 (参考基因组hg38), 导致20号染色体上残存JAG1基因的1号和2号外显子与4号染色体上易位来的FAM13A基因7号内含子反向序列融合表达，产生提前终止密码子。该变异是新发变异。

原文链接

https://www.hindawi.com/journals/humu/2023/5396281/（复制链接网页打开）

或扫描二维码阅读原文

OGM 技术简介

光学基因组图谱技术（optical genome mapping, OGM）是一种新型高分辨率细胞遗传学分析技术，该技术可以利用单个DNA分子基因组限制性内切酶图谱快速生成高分辨率、有序的全基因组限制性内切酶图谱，在检测基因组结构变异的方面具有重大应用价值；这一技术进而可以与现有的高通量测序技术（next generation sequencing, NGS）相结合，优化涉及遗传病、肿瘤、血液病等多个领域的检测流程。

优质服务，助力科研

韦翰斯面向各类教育研究和医疗机构提供遗传病方向的科研合作，包括基因组学、转录组学、表观遗传学和蛋白质组学四大方向。

在了解到客户的实际需求后，我们经验丰富的管理人员会对项目的需求进行采集和评估，着手制定方案或给出方案建议，还会根据客户需要进行技术咨询；完成协商、签署合同之后，韦翰斯强大的实验团队会按照合同约定保质保量地完成项目，并且发送包括质检报告、中期报告和结题报告在内的相关结果，然后再根据客户反馈来妥善安排售后服务。

关于韦翰斯生物

韦翰斯生物成立于2016年，遗传病筛查与诊断、流产物检测、新发突变单基因阻断领导品牌，上海市遗传病基因检测与出生缺陷三级防控技术服务平台。

公司总部位于上海国际医学园区，旗下拥有独立第三方医学检验实验室（LDT/上海）、IVD（基因检测试剂盒及设备）及POCT生产基地（设备及配套检测试剂）；业务涵盖遗传病筛查（三级预防）、遗传病辅助诊断、不孕不育与流产物检测、无创产前单基因遗传病检测（NIPT-M)、单基因遗传病阻断检测（PGT-M）、亲缘关系检测及遗传病方向科研合作等；与数百家业内顶级医疗机构及专家建立牢固合作关系。

公司拥有遗传病方向各类检测平台：一代测序、二代测序（illumina、华大）、Bionano（结构变异）、QPCR等，可以为遗传病检测及科研提供各类完整的解决方案；公司拥有专利19项、在申请的17项，软著40项、商标40项，医疗器械注册证30项，CE认证26项。

集团及各分子公司办公面积约10000㎡。公司销售收入实现平均每年2-3倍增长，已完成经纬中国、华耀资本、盛山资产等知名机构4轮融资。公司资质荣誉不断完善，内部管理逐渐规范高效。先后获得“上海韦翰斯医学检验实验室执业许可”、“临床基因扩增检验实验室技术审核验收合格证书”、“室间质评证书”、“上海市病原微生物实验室备案凭证”、“国家高新技术企业”、“上海市专精特新企业”、“知识产权管理体系认证证书”等资质，获上海市遗传学会理事单位、2021福布斯中国妇幼行业系列评选“基因检测企业Rising Star”、浦东新区重点科技创业企业、安永复旦最具潜力企业、2020年“复旦之星亚军”、第二届 “南明英才亚军”、上海市创新创业大赛优胜企业、全国NGS建库技能大赛特殊贡献奖等荣誉。

让每个家庭都有健康的孩子！

微信扫一扫
关注该公众号

''标签解析异常!
引发类型为“System.OutOfMemoryException”的异常。
在 System.String.CreateStringFromEncoding(Byte* bytes, Int32 byteLength, Encoding encoding) 在 System.Text.UnicodeEncoding.GetString(Byte[] bytes, Int32 index, Int32 count) 在 System.Data.SqlClient.TdsParserStateObject.TryReadString(Int32 length, String& value) 在 System.Data.SqlClient.TdsParser.TryReadSqlStringValue(SqlBuffer value, Byte type, Int32 length, Encoding encoding, Boolean isPlp, TdsParserStateObject stateObj) 在 System.Data.SqlClient.TdsParser.TryReadSqlValue(SqlBuffer value, SqlMetaDataPriv md, Int32 length, TdsParserStateObject stateObj) 在 System.Data.SqlClient.SqlDataReader.TryReadColumnInternal(Int32 i, Boolean readHeaderOnly) 在 System.Data.SqlClient.SqlDataReader.TryReadColumn(Int32 i, Boolean setTimeout, Boolean allowPartiallyReadColumn) 在 System.Data.SqlClient.SqlDataReader.GetValues(Object[] values) 在 System.Data.ProviderBase.DataReaderContainer.CommonLanguageSubsetDataReader.GetValues(Object[] values) 在 System.Data.ProviderBase.SchemaMapping.LoadDataRow() 在 System.Data.Common.DataAdapter.FillLoadDataRow(SchemaMapping mapping) 在 System.Data.Common.DataAdapter.FillFromReader(DataSet dataset, DataTable datatable, String srcTable, DataReaderContainer dataReader, Int32 startRecord, Int32 maxRecords, DataColumn parentChapterColumn, Object parentChapterValue) 在 System.Data.Common.DataAdapter.Fill(DataSet dataSet, String srcTable, IDataReader dataReader, Int32 startRecord, Int32 maxRecords) 在 System.Data.Common.DbDataAdapter.FillInternal(DataSet dataset, DataTable[] datatables, Int32 startRecord, Int32 maxRecords, String srcTable, IDbCommand command, CommandBehavior behavior) 在 System.Data.Common.DbDataAdapter.Fill(DataSet dataSet, Int32 startRecord, Int32 maxRecords, String srcTable, IDbCommand command, CommandBehavior behavior) 在 System.Data.Common.DbDataAdapter.Fill(DataSet dataSet) 在 Whir.Repository.Database.Query(String sql, Object[] args) 在 Whir.Label.Dynamic.Content.GetColumnFileValue() 在 Whir.Label.Dynamic.Content.Render(HtmlTextWriter output) ''标签解析异常!
引发类型为“System.OutOfMemoryException”的异常。
在 System.Data.SqlClient.TdsParserStateObject.TryReadString(Int32 length, String& value) 在 System.Data.SqlClient.TdsParser.TryReadSqlStringValue(SqlBuffer value, Byte type, Int32 length, Encoding encoding, Boolean isPlp, TdsParserStateObject stateObj) 在 System.Data.SqlClient.TdsParser.TryReadSqlValue(SqlBuffer value, SqlMetaDataPriv md, Int32 length, TdsParserStateObject stateObj) 在 System.Data.SqlClient.SqlDataReader.TryReadColumnInternal(Int32 i, Boolean readHeaderOnly) 在 System.Data.SqlClient.SqlDataReader.TryReadColumn(Int32 i, Boolean setTimeout, Boolean allowPartiallyReadColumn) 在 System.Data.SqlClient.SqlDataReader.GetValues(Object[] values) 在 System.Data.ProviderBase.DataReaderContainer.CommonLanguageSubsetDataReader.GetValues(Object[] values) 在 System.Data.ProviderBase.SchemaMapping.LoadDataRow() 在 System.Data.Common.DataAdapter.FillLoadDataRow(SchemaMapping mapping) 在 System.Data.Common.DataAdapter.FillFromReader(DataSet dataset, DataTable datatable, String srcTable, DataReaderContainer dataReader, Int32 startRecord, Int32 maxRecords, DataColumn parentChapterColumn, Object parentChapterValue) 在 System.Data.Common.DataAdapter.Fill(DataSet dataSet, String srcTable, IDataReader dataReader, Int32 startRecord, Int32 maxRecords) 在 System.Data.Common.DbDataAdapter.FillInternal(DataSet dataset, DataTable[] datatables, Int32 startRecord, Int32 maxRecords, String srcTable, IDbCommand command, CommandBehavior behavior) 在 System.Data.Common.DbDataAdapter.Fill(DataSet dataSet, Int32 startRecord, Int32 maxRecords, String srcTable, IDbCommand command, CommandBehavior behavior) 在 System.Data.Common.DbDataAdapter.Fill(DataSet dataSet) 在 Whir.Repository.Database.Query(String sql, Object[] args) 在 Whir.Label.Dynamic.Content.GetColumnFileValue() 在 Whir.Label.Dynamic.Content.Render(HtmlTextWriter output)